民航学院实行董事会管理体制，在我国高校中独具特色，它是社会主义市场经济中高校与企业联合办学的产物，为我院的建设发展注入勃勃生机。

董事会由热心民航高等教育事业、愿意以各种形式关心、支持和扶植南航大民航学院建设发展的政府部门、民航企事业单位、社会团体以及南京航空航天大学组成，是学校为适应中国民航事业快速发展形势和社会主义市场经济发展的需要，探索政府宏观管理，社会各界广泛参与，面向社会自主办学，并建立与之相适应的新的运行机制，是加强南京航空航天大学民航学院与中国民航企事业单位的紧密联系，发展相互间在高层次、多方位的密切合作，建立起双向参与、责权统一、互利互惠的产学研合作的纽带，民航学院董事会主动适应民航事业发展需要的办学活力，切实办好南航大民航学院并保证其有效地服务于民航事业，为增强南航大及其民航学院发展规划和政策制定的前瞻性、合理性发挥了巨大的作用。

董事会对学院的办学方向、教学管理、人才培养目标和基础建设实施指导与监督，为学院提供经费支持。学院为各董事单位优先输送和培养各类专业人才，形成了新型的产学研紧密结合的机制。