为满足中国民航事业快速发展对民航高素质管理人才和科技人才的需求，1993年，原中国民航总局和中国航空工业总公司共同创建成立民航学院。时任中共中央政治局常委、国务院副总理李岚清同志为学院题词，勉励学院“为发展民航事业培养优秀人才而努力奋斗”。2002年经教育部批准，学校在民航学院及其飞行技术专业的基础上合作组建了飞行学院。2008年学校建设民航学院“特区”。2012年，工业和信息化部、中国民用航空局共建我校民航特色学科专业。2019年，土木工程系整建制划归民航/飞行学院，学院作为全校首个学院进驻侧重民航专业人才教育和综合科学实验的天目湖新校区。2020年学校将民航/飞行学院调整为民航学院和通用航空与飞行学院。2021年，工业和信息化部、中国民用航空局再次签署共建协议。

学院下设空中交通系、交通运输系、民航工程系、土木与机场工程系。

学院坚持人才强院，实行引培并举，着力打造一支素质过硬、结构优良的师资队伍。现有专任教师129人，其中教授29人，副教授61人，博士生导师27人。国家级人才5人次，国务院学位委员会学科评议组成员2人，国家空管专家2人，交通运输部专家组成员2人，民航局特聘专家2人，民航局科技创新拔尖人才4人，教育部跨世纪人才1人，江苏省先进科技工作者1人，江苏省杰出青年科学基金获得者1人，江苏省优秀青年科学基金获得者2人，江苏省“六大高峰”人才和团队11人次（个），江苏省“333工程”培养对象9人次，江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师10人，江苏省“青蓝工程”学术带头人4人，江苏省“青蓝工程”优秀学科团队1个，民航局科技重点领域创新团队2个，国家高端外国专家项目2人，江苏省外国专家局外专百人计划2人。

学院现有交通运输工程一级学科博士点和土木工程（土木水利）一级学科硕士点。其中交通运输工程下设交通信息工程及控制、交通运输规划与管理、载运工具运用工程、道路与铁道工程、适航技术与管理5个二级学科博士学位点，土木工程（土木水利）下设岩土工程、结构工程、防灾减灾工程及防护工程、桥梁与隧道工程4个二级学科硕士学位授权点。交通运输工程属于江苏省重点一级学科，载运工具运用工程被评为国防重点学科，航空适航技术被评为国防特色学科，适航技术与管理被评为国防紧缺学科。

学院设有交通运输专业（下设空中交通管理与签派、民航运输管理、民航电子电气工程、机场运行与管理4个专业方向）、土木工程专业和飞行器适航技术专业。交通运输专业是国家首批一流专业建设点、国家级特色专业、教育部“卓越工程师培养计划”专业、江苏省特色专业和江苏省品牌专业；土木工程专业是国家首批一流专业建设点，是江苏省唯一、全国四所之一具有机场工程特色的土木工程专业；飞行器适航技术是教育部“卓越工程师计划”专业、江苏省品牌专业。

学院现有教学科研平台25个，其中教育部“111”引智基地1个，国家级虚拟仿真教学实验平台1个，国家空管飞行流量管理技术重点实验室、民航飞机健康监测与智能维护重点实验室、民航应急科学与技术重点实验室、民航飞机机载系统适航工程技术研究中心、民航机务维修工程科研基地、江苏省空域研究基地、民航协同空管技术与应用重点实验室、民航科技创新人才培养基地、空中交通管理协同育人基地、民航空管运行工程技术研究中心等其他省部级平台19个（含联合共建5个）。近十年，学院承担国家自然科学基金项目104项，获得国家和省部级科技进步奖40项，获日内瓦国际发明奖银奖1项，共发表学术论文3000余篇，申请发明专利600余项，获授权发明专利300余项。目前共有在读全日制本科生1500余人，在读研究生700余人。

经过30年的发展，学院已成为中国民航事业重要的人才培养及科学研究基地，建成了学士、硕士、博士完备的民航人才培养体系和交通运输工程学科体系，在一流学科建设、科技创新、社会服务等方面走出了一条产教融合协同创新发展的特色之路。

（数据截至2024年9月）