南京航空航天大学民航学院实行董事会办学机制。民航学院董事会是学校与董事会成员建立紧密稳定合作关系的纽带，是学校与董事单位共同拓展行业发展空间、提升行业服务水平的平台。董事会由民航系统的有关企事业单位、行政机构、热心民航科技事业的社会团体和南京航空航天大学组成。学院董事会属于指导咨询型机构，对学院的办学起咨询、指导和支持作用。
民航学院董事会于1994年5月成立，至今已历4届。在此期间，由于民航系统体制改革、国务院机构调整、政府职能转变等原因，民航学院董事会的领导体制和组织结构进行了几次调整，董事单位在不同的阶段也有所增减和变动。然而，董事会积极支持学院办学、共同促进民航科技事业发展的宗旨没有变；董事会所遵循的“双向参与、互惠互利、协同合作、发展共赢”的工作原则也没有变。
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